OpenDolphin日記

OpenDolphin 実行

1. OpenDolphin-EA-1.3.0.7 を右クリック → 「配備」すると，JBoss Application Server が立ち上がり，出力画面にコンソールが出力されていく。この時，OpenDolphin-EA-1.3.0.7 と jboss-ds.xml が自動的に jboss-5.1.0.GA/server/default/deploy フォルダにコピーされてデプロイされる。
2. ちなみに，間違って OpenDolphin-EJB の方を配備してしまうと，deploy フォルダに jar ファイルが配置されてしまい，Exception が出まくる。これをしてしまった場合は，deploy フォルダから OpenDolphin-EJB-1.3.0.7.jar を手動で削除する必要がある。
3. JBoss AS が立ち上がったら，OpenDolphin-1.3.0.7 の open.dolphin.master パッケージに入っている profiel.txt を開いて編集する。サーバは localhost のままで。
4. 同じパッケージの InitDatabase を選択して右クリック，「ファイルを実行する」で実行する。以下の様なメッセージが出て，データベースが初期化される。

   key=host.address  value=localhost
   key=facility.name  value=シルククリニック
   key=facility.zipcode  value=231-0023
   key=facility.address  value=横浜市中区山下町１番地
   key=facility.telephone  value=045-681-5251
   key=facility.url  value=http://www.hospital.jp
   key=admin.login.id  value=admin
   key=admin.login.password  value=admin
   key=admin.sir.name  value=オープン
   key=admin.given.name  value=ドルフィン
   key=admin.email  value=admin@hospital.jp
   0 [main] INFO open.dolphin.master.InitDatabase  - 管理者情報ファイルを読み込みました。
   62 [main] DEBUG org.jnp.interfaces.TimedSocketFactory  - createSocket, hostAddr: localhost/127.0.0.1, port: 1099, localAddr: null, localPort: 0, timeout: 0
   282 [main] DEBUG org.jboss.ejb3.proxy.impl.objectfactory.ProxyObjectFactory  - org.jboss.ejb3.proxy.impl.objectfactory.ProxyObjectFactory servicing request for openDolphin/RemoteSystemService
   352 [main] DEBUG org.jboss.remoting.transport.socket.MicroSocketClientInvoker  - SocketClientInvoker[353c375, socket://127.0.0.1:3873] constructed
   352 [main] DEBUG org.jboss.remoting.MicroRemoteClientInvoker  - SocketClientInvoker[353c375, socket://127.0.0.1:3873] connecting
   352 [main] DEBUG org.jboss.remoting.transport.socket.MicroSocketClientInvoker  - Creating semaphore with size 50
   353 [main] DEBUG org.jboss.remoting.MicroRemoteClientInvoker  - SocketClientInvoker[353c375, socket://127.0.0.1:3873] connected
   505 [main] DEBUG org.jboss.remoting.InvokerRegistry  - removed SocketClientInvoker[353c375, socket://127.0.0.1:3873] from registry
   505 [main] DEBUG org.jboss.remoting.transport.socket.MicroSocketClientInvoker  - SocketClientInvoker[353c375, socket://127.0.0.1:3873] disconnecting ...
   506 [main] DEBUG org.jboss.ejb3.proxy.impl.objectfactory.session.SessionProxyObjectFactory  - Created Proxy of type $Proxy1 for EJB3 Business Interface: open.dolphin.ejb.RemoteSystemService
   508 [main] INFO open.dolphin.master.InitDatabase  - Host Service を取得しました。
   514 [main] DEBUG org.jboss.ejb3.proxy.impl.handler.session.SessionProxyInvocationHandlerBase  - Couldn't handle invocation directly within org.jboss.ejb3.proxy.impl.handler.session.SessionRemoteProxyInvocationHandler@5eb7ec5d: Current invocation "public abstract void open.dolphin.ejb.RemoteSystemService.addFacilityAdmin(open.dolphin.infomodel.UserModel)" is not eligible for direct handling by org.jboss.ejb3.proxy.impl.handler.session.SessionRemoteProxyInvocationHandler@5eb7ec5d
   518 [main] DEBUG org.jboss.ejb3.proxy.impl.invocation.InvokableContextStatefulRemoteProxyInvocationHack  - Received invocation request to method open.dolphin.ejb.RemoteSystemService: open.dolphin.ejb.RemoteSystemService.addFacilityAdmin(open.dolphin.infomodel.UserModel); using hash: -5161330131342058877
   525 [main] DEBUG org.jboss.security.SecurityAssociation  - Using ThreadLocal: false
   539 [main] DEBUG org.jboss.remoting.transport.socket.MicroSocketClientInvoker  - SocketClientInvoker[dcb52ae, socket://127.0.0.1:3873] constructed
   539 [main] DEBUG org.jboss.remoting.MicroRemoteClientInvoker  - SocketClientInvoker[dcb52ae, socket://127.0.0.1:3873] connecting
   539 [main] DEBUG org.jboss.remoting.transport.socket.MicroSocketClientInvoker  - Creating semaphore with size 50
   539 [main] DEBUG org.jboss.remoting.MicroRemoteClientInvoker  - SocketClientInvoker[dcb52ae, socket://127.0.0.1:3873] connected
   1056 [main] DEBUG org.jboss.remoting.InvokerRegistry  - removed SocketClientInvoker[dcb52ae, socket://127.0.0.1:3873] from registry
   1056 [main] DEBUG org.jboss.remoting.transport.socket.MicroSocketClientInvoker  - SocketClientInvoker[dcb52ae, socket://127.0.0.1:3873] disconnecting ...
   1056 [main] INFO open.dolphin.master.InitDatabase  - 管理者を登録しました。
   1062 [main] DEBUG org.jboss.ejb3.proxy.impl.handler.session.SessionProxyInvocationHandlerBase  - Couldn't handle invocation directly within org.jboss.ejb3.proxy.impl.handler.session.SessionRemoteProxyInvocationHandler@5eb7ec5d: Current invocation "public abstract void open.dolphin.ejb.RemoteSystemService.putRadMethodMaster(java.util.Collection)" is not eligible for direct handling by org.jboss.ejb3.proxy.impl.handler.session.SessionRemoteProxyInvocationHandler@5eb7ec5d
   1062 [main] DEBUG org.jboss.ejb3.proxy.impl.invocation.InvokableContextStatefulRemoteProxyInvocationHack  - Received invocation request to method open.dolphin.ejb.RemoteSystemService: open.dolphin.ejb.RemoteSystemService.putRadMethodMaster(java.util.Collection); using hash: 7358299985991160638
   1063 [main] DEBUG org.jboss.remoting.transport.socket.MicroSocketClientInvoker  - SocketClientInvoker[3ad3c6a3, socket://127.0.0.1:3873] constructed
   1063 [main] DEBUG org.jboss.remoting.MicroRemoteClientInvoker  - SocketClientInvoker[3ad3c6a3, socket://127.0.0.1:3873] connecting
   1063 [main] DEBUG org.jboss.remoting.transport.socket.MicroSocketClientInvoker  - Creating semaphore with size 50
   1063 [main] DEBUG org.jboss.remoting.MicroRemoteClientInvoker  - SocketClientInvoker[3ad3c6a3, socket://127.0.0.1:3873] connected
   1290 [main] DEBUG org.jboss.remoting.InvokerRegistry  - removed SocketClientInvoker[3ad3c6a3, socket://127.0.0.1:3873] from registry
   1290 [main] DEBUG org.jboss.remoting.transport.socket.MicroSocketClientInvoker  - SocketClientInvoker[3ad3c6a3, socket://127.0.0.1:3873] disconnecting ...
   1290 [main] INFO open.dolphin.master.InitDatabase  - 放射線メソッドマスタを登録しました。
   1290 [main] INFO open.dolphin.master.InitDatabase  - データベースを初期化しました。
   

5. OpenDolphin-1.3.0.7 を右クリック→「実行」でクライアントを立ち上げる。
6. 「設定」をクリック，IPアドレス：localhost，ユーザID：admin
7. パスワード：admin でログイン
   これで，OpenDolphin が Mac の中だけで立ち上がる。NetBeans ってすごい。（別途 ORCA サーバは必要だけど）
8. ちなみに，初期化直後のダンプファイル
   ダウンロード dolphin_initialized.dump.zip (9.7K)
   取り込み方法

   $ sudo -u _postgres dropdb dolphin
   $ sudo -u _postgres createdb -O dolphin dolphin
   $ sudo -u _postgres psql -U dolphin dolphin < dolphin_initialized.dump
   

OpenDolphin-1.3.0.7 を NetBeans に取り込んでみる

1. NetBeans 7.1 Java EE バージョンをダウンロードして立ち上げる。
2. メニューから，「チーム」→「Mercurial」→「他をクローン」と選択。
3. リポジトリ URL を入力して次へ。匿名アクセスなので，ユーザ／パスワードは不要。

   

4. Mercurial パスの入力

   

5. 出力先ディレクトリを指定。

   

6. クローンが開始される。クローン完了ダイアログが出るまで，15〜20分くらいかかる。
7. クローン完了ダイアログが出たら「プロジェクトを開く」を選択
8. 「選択したプロジェクトを開きます」ダイアログでは，全てのプロジェクトを選択する
9. これで，OpenDolphin-1.3.0.7 のダウンロードと NetBeans への取り込みが完了する。

Plugin フォルダの廃止

本家デジタルグローブ社の OpenDolphin-2.1.2M を見てみると，1.3 時代にあった plugin フォルダが廃止されて，plugin になっていた部分は open.dolphin.impl に配置転換されている。それに合わせて自分の環境もリファクタリングしてみた。

1. plugin のパッケージを右クリック，「リファクタリング」から「名前の変更」を選択し，パッケージの名前を open.dolphin.impl.xxxx に変更する。
2. 名前の変更ができたら，ドラッグ＆ドロップで主プロジェクトに移動する。
3. 全てのプラグインでこれを繰り返す。
4. getResource(String) 等，ファイルの位置が文字列でコーディングされている部分はリファクタリングされないので，必要部分を手動で変更する。直し忘れがあると，実行時に変な場所で ExceptionInInitializerError が発生する。
5. META-INF.plugin に入っているプラグイン情報が入ったファイルを，適宜追加・変更する。

   open.dolphin.client.AbstractSettingPanel
   open.dolphin.client.MainWindow
   open.dolphin.client.Chart
   open.dolphin.client.MmlMessageListener
   open.dolphin.client.ChartDocument
   open.dolphin.client.NChartDocument
   open.dolphin.client.ClaimMessageListener
   open.dolphin.client.SchemaEditor
   open.dolphin.client.Letter
   open.dolphin.server.PVTServer
   open.dolphin.client.MainComponent
   

Java EE EJB モジュール化

本家デジタルグローブ社の OpenDolphin-2.1.2M を見てみると，クライアントが OpenDolphin-2.1M，EJB が OpenDolphin-EA-2.0，OpenDolphin-EJB-2.0 と分離されている。これに合わせるようにリファクタリングしてみた。

1. 「新規プロジェクト」→「JavaEE」→「エンタープライズアプリケーション」を選択
   • プロジェクト名 "OpenDolphin-EA-1.3.0.7"
   • サーバーと設定
     サーバー：JBoss Application Server，Java EE バージョン：Java EE 5
     「EJB モジュールを作成」と「Web アプリケーションモジュールを作成」は，ここでは両方ともチェックを外しておく。
2. 「新規プロジェクト」→「JavaEE」→「EJBモジュール」を選択
   • プロジェクト名：OpenDolphin-EJB-1.3.0.7
   • エンタープライズアプリケーションに追加：OpenDolphin-EA-1.3.0.7，サーバー：JBoss Application Server，Java EE バージョン：Java EE 5
3. できあがった OpenDolphin-EJB-1.3.0.7 を右クリック→「プロファイル選択」
   ソース／バイナリ形式：JDK_6，エンコーディング：UTF-8 に設定
4. OpenDolphin-EJB-1.3.0.7 を選択し，「新規ファイル」→「持続性」→「持続性ユニット」を選択
   持続性ユニット名：openDolphin，持続性プロバイダ：Hibernate (JPA 1.0)
5. データソースから，「新しいデータソース」 を選択。JNDI 名：PostgresDS，データベース接続：jdbc:postgresql:... を選択。これで，EJB サーバリソースの jboss-ds.xml が作成される。既にサーバリソースに jboss-ds.xml がある場合は作成されないので，うまくできないときは jboss-ds.xml を削除して再度データソースを入力する。
6. できあがった jboss-ds.xml を OpenDolphin-EA のサーバリソースに移動する。EA の方に入っていないとうまくデプロイされない。
7. 持続性ユニットにプロパティーを設定する。デザインモードよりソースモードにして入力した方が楽。以下の property を追加する。hiberneate search の index directory は，書き込み可能なディレクトリに設定する。

   <property name="hibernate.dialect" value="org.hibernate.dialect.PostgreSQLDialect"/>            
   <!-- hibernate search -->
   <property name="hibernate.search.default.directory_provider" value="org.hibernate.search.store.FSDirectoryProvider"/>
   <property name="hibernate.search.default.indexBase" value="/Applications/jboss-5.1.0.GA/lucene/indexes"/>
   

8. EJB 側からクライアント側を参照している部分を直す。ClaimConst.java と KarteState.java が EJB 側から参照されていて修正した。何で今まで動いていたのか分からない。恐ろしい・・・
   • KarteState.java を infomodel パッケージに「リファクタリング」→「移動」。
   • BundleMed から ClaimConst を参照している部分を，IInfoModel に値をコピーして，そちらを参照させる。
9. ライブラリフォルダの位置を common/lib に移動する。NetBeans がライブラリを見失うので，OpenDolphin-1.3.0.7 のプロパティーから，ライブラリを設定しなおす。
10. OpenDolphin-EJB-1.3.0.7 のライブラリを右クリックし，「JAR/フォルダを追加」を選択し，common/lib から以下のライブラリを追加する。
    • hibernate-search-3.1.1.GA.jar
    • jboss-ejb3-ext-api.jar
    • lucene-analyzers-2.4.1.jar
    • lucene-core-2.4.1.jar
    • velocity-1.7.jar
    • velocity-1.7-dep.jar
11. 同じく，「ライブラリを追加」を選択して，「Hibernate JPA」を追加する
12. 作った OpenDolphin-EJB-1.3.0.7 のソースパッケージに，OpenDolphin-1.3.0.7 から open.dolphin.dto，open.dolphin.ejb，open.dolphin.exception，open.dolphin.infomodel をドラッグ＆ドロップで移動する。
13. OpenDolphin-EA-1.3.0.7 を右クリック → 構築
14. OpenDolphin-1.3.0.7 のライブラリを右クリック →「プロジェクトを追加」で OpenDolphin-EJB-1.3.0.7 を選択。
15. これで，リファクタリングは終了。

思い立って，環境整備とコードのリファクタリングを試みた。環境整備として，PostgreSQL，JBoss Application Server (JBoss AS) を Mac で動かして NetBeans （Java EE バージョン）からコントロールし，Mac 内だけでコーディング・デバッグできるような環境を作ってみた。リファクタリングは，プラグインフォルダを廃止し，さらに，クライアントと EJB を分離した。

Mac OS X に PostgreSQL をインストール

Mac OS X Lion には PostgreSQL 9.0.4 のクライアントが標準で入っているが，サーバーは入っていない。サーバーまで使いたい場合は，Server.app を App Store で購入する必要がある。

1. Server.app をインストール後，ターミナルで確認すると，以下のようになっており，postgres がインストールされているのが確認できる。

   $ sudo serveradmin list
   accounts
   addressbook
   afp
   　：
   postgres
   　：
   

2. サーバーを起動するためのコマンド。起動したままにしておくと，次回からコンピューターの起動時に自動的に postgres も起動するようになる。

   $ sudo serveradmin start postgres
   postgres:state = "RUNNING"
   $
   

3. ちなみに，停止するためのコマンド。

   $ sudo serveradmin stop postgres
   postgres:state = "STOPPED"
   $
   

4. 外部からのアクセスを許可するためには listen_addresses を設定する。

   $sudo serveradmin settings postgres:listen_addresses = "*"
   postgres:listen_addresses = "*"
   $ 
   

   ここで，タイプミスで間違ったキー（listen_address）を作ってしまい postgres が立ち上がらなくなって困った。マニュアルによると postgres:xxxx = delete とすれば消えると書いてあるが，実際やってみると値は消去されず，代わりに "delete" という値がセットされてしまった。
   /System/Library/LaunchDaemons/org.posgtresql.postgres.plist を直接編集してキーを削除する必要がある。
5. dolphin ユーザーの作成。mac では，postgres ユーザー名は _postgres となっている。

   $ sudo -u _postgres createuser dolphin
   Shall the new role be a superuser? (y/n) y
   $ 
   

6. dolphin データベースの作成。

   $ sudo -u _postgres createdb -O dolphin dolphin 
   $
   

7. psql でデータベースに入ってみる。

   $ sudo -u _postgres psql -U dolphin dolphin 
   psql (9.0.4)
   Type "help" for help.
   
   dolphin=# 
   

8. Mountain Lion Server にアップグレードしたら，データベースにつながらなくなった。/Library/Server/PostgreSQL/Data/pg_hba.conf を設定する必要がある。なお，org.postgresql.postgres.plist の場所も /Library/Server/PostgreSQL/Config/ に変更になっている。

NetBeans に PostgreSQL を登録

1. NetBeans のサービスタブを選択する（⌘-5）
2. データベースを右クリックし「新規接続」→「PostgreSQL」と選択して，接続ウイザードを出す
3. ドライバ名：PostgreSQL，ホスト：localhost，ポート：5432，データベース：dolphin，ユーザー名: dolphin，パスワード：空欄，「接続をテスト」をクリックして，接続されることを確認して次へ。
4. データベーススキーマを選択：information_schema（選択はどれでもよい）。

NetBeans に JBoss AS 5.1.0.GA を登録

1. JBoss AS 5.1.0.GA (jboss-5.1.0.GA-jdk6.zip)をダウンロードして展開し，アプリケーションフォルダに展開する（/Applications/jboss-5.1.0.GA となる）。
2. OpenDolphin 用に，以下の２つの設定をする。jboss-5.1.0.GA に加える変更はこの２つだけでよい。
   • postgresql-9.1-901.jdbc4.jar を jboss-5.1.0.GA/common/lib に加える
   • OpenDolphin 用の login-config.xml を jboss-5.1.0.GA/server/default/conf のオリジナルと入れ替える
3. NetBeans で「サーバー」を右クリック，「サーバーを追加」を選択
4. JBoss AS を選択し，展開した /Applications/jboss-5.1.0.GA を選択
5. ドメイン：default，ホスト：localhost，ポート：8080 と入力して完了。
6. できた JBoss AS を右クリック，プロファイルを選択，プロファイルの「VM オプション」を削除して空欄にする。ここに何か書いてあると run.conf が無視されてしまい，OutOfMemorry エラーになる。
7. JBoss AS の起動は，「サーバー」タグに加わった JBoss AS を右クリック →「起動」
8. 停止は，起動と同じ方法で「停止」を選択するか，「出力」画面を右クリックして「停止」を選択してもいい。

DiagnosisDocument との連携を強くすることにより，DiagnosisInspector  の機能を強化した。

スタンプのポップアップメニュー拡張で，「 部位入力パネル」を作っていたが，これをグラフィカルに改造してみた。

スタンプのドラッグを開始した時，オリジナルの状態では，ドラッグ中のスタンプは長方形の線で表示されるのみである。これが，ドラッグ中もスタンプが半透明で表示されると，何をドラッグしているのかがわかりやすい。そのために使えそうな TransferHandler#getVisualRepresentation(Transferable t) というメソッドがあるが，実際やってみると，このメソッドをオーバーライドしても呼ばれることはなく無視されてしまう。このことはオラクルのサイトにバグとして報告されており，同サイトに work around （PatchedTransferHandler.java）が出ていた。これを組み込んで改造して，下のように半透明のフィードバックが出るようにした。ただし，Mac でしか動かないようだ。

• PatchedTransferHandler.java
• TransferHandler に exportAsDrag と getVisualRepresentation をインプリメントする。
  • StampHolderTransferHandler.java
  • SchemaHolderTransferHandler.java
  • StampTreeTransferHandler.java
  • DiagnosisTransferHandler.java
  • RegisteredDiagnosisTransferHandler.java
  • MasterItemTransferHandler.java
  • ImagePalette.java